Tudomány
Szennyezett genomadatok tisztítására alkalmas szoftvert fejlesztettek az SZBK kutatói
Ez a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik.
2024.02.17 16:13MTISzennyezett genomadatok tisztítására alkalmas szoftvert fejlesztettek a Szegedi Biológiai Kutatóközpont (SZBK) munkatársai, eredményeikről a rangos Nature Communications folyóiratban számoltak be - közölte a HUN-REN Magyar Kutatási Hálózathoz tartozó intézmény honlapján.
A nagy áteresztőképességű szekvenálásban a közelmúltban elért technológiai fejlődés és a szekvenálási költségek zuhanása a genomszekvencia-adatbázisok soha nem látott mértékű növekedéséhez vezet. A közelmúltban számos nagyszabású szekvenálási kezdeményezés indult azzal a céllal, hogy a rovarok, gerincesek, gombák, növények vagy végső soron a Föld teljes eukarióta (valódi sejtmaggal rendelkező) biodiverzitásának genomját feltérképezzék. Különböző biológiai vagy technikai problémák miatt azonban a genomok olyan szekvenciákat is tartalmazhatnak, amelyek nem a célszervezethez tartoznak. A tartósított múzeumi vagy a metagenomikai - a természetes környezetből vett - mintákra támaszkodó projektek különösen érzékenyek a szennyeződésre. Ha nem fordítanak rá kellő figyelmet, a szennyezett referenciagenomok pontatlanul megjelölt szekvenciaadatokkal "mérgezik meg" a nyilvános adatbázisokat.
A nemzetközi együttműködéssel létrejött, Nagy László, az SZBK Biokémiai Intézet Szintetikus és Rendszerbiológiai Egységének csoportvezetője irányításával született publikáció az adatbázisokba tévesen feltöltött, idegen szekvenciákkal szennyezett genomadatok lehetséges következményeivel és a szennyezések kitisztításával foglalkozik.
A szegedi kutatók egy olyan új számítógépes szoftvert készítettek, amely a korábbi megoldásokhoz képest lényegesen pontosabban azonosítja be és távolítja el a genomi adatokban megbúvó szennyeződéseket, még akkor is, ha az egy közeli rokon fajtól származik, miközben az élőlények közötti tényleges genetikai információátadás, a horizontálisan géntranszfer révén szerzett géneket érintetlenül hagyja.
A kutatók a 844 megvizsgált eukarióta genom több mint felében mutattak ki bizonyos mértékű szennyeződést, melyek döntő többsége baktériumokból származott. A szennyeződés néhány esetben akkora mértéket öltött, hogy a közzétett genomadatokból egy második élőlény közel teljes genomja rekonstruálható volt.
A publikáció részletes példákon keresztül illusztrálja, milyen torzító hatással vannak a szennyező szekvenciák azokra a kísérletekre, amelyek az egyedi géncsaládok, valamint az élőlények evolúciós történetét kívánják feltárni.
Az együttműködésben résztvevő kutatók remélik, hogy eredményeikkel sikerül felhívniuk a tudományos közösség figyelmét a genomi szennyeződések eltávolításának fontosságára, valamint hogy a kifejlesztett szekvenciatisztító-szoftver az általánosan elfogadott genomi elemzési munkafolyamatok részévé válhat.
Figyelem! A cikkhez hozzáfűzött hozzászólások nem a ma.hu network nézeteit tükrözik. A szerkesztőség mindössze a hírek publikációjával foglalkozik, a kommenteket nem tudja befolyásolni - azok az olvasók személyes véleményét tartalmazzák.
Kérjük, kulturáltan, mások személyiségi jogainak és jó hírnevének tiszteletben tartásával kommenteljenek!
ma.hu legfrissebb hírei:
- 8:18 ÉKM: a Közlekedésbiztonsági Szervezet vizsgálja az adácsi vonatbaleset körülményeit
- 7:17 Eddig mintegy 11 ezer ukrán állampolgár lépte át illegálisan Románia északi határát
- 6:15 Két új, korszerű jegy- és bérletautomatát tesztel a BKK
- 5:14 Agrometeorológia: az Alföldön és a Tiszántúl középső részén fokozódott az aszály
- 4:11 Hat évre ítéltek egy kiskorúakat zaklató férfit
- 3:10 Zsigó Róbert: népszerű a csok plusz
- 2:30 Sulyok Tamás fogadta Hszi Csin-ping kínai államfőt a Budai Várban és a Sándor-palotában
top fórum témák:
- Tanár Úr gyere, mindjárt lesz Lillád!2022.05.10 21:11
- AZ IGAZSÁG SOHA NEM KÉSŐ2022.05.10 21:07
- JólVanna2022.05.10 20:31
- Porvihar2022.03.29 16:11
- Mit szólsz? Ide minden baromságot...2022.03.29 16:06